Die Wutachflühen decken die geologischen Gegebenheiten sehr deutlich auf, denn der Durchbruch (bei Achdorf) ist auf den Muschelkalk zurückzuführen, aus dem der Schweizer Jura besteht. Die Flühen stellen die nordwestliche Flanke vom nördlichsten Ausläufer des helvetischen Juras dar, der auch als Randen bezeichnet wird. Die brüchigen, kalkweißen Schichten, die sich flussabwärts zur linken Hand oben am Hang und teilweise auch in der Aue selber befinden, geben beredtes Zeugnis von ihrer jurassischen Herkunft. Die glatten, weißen Steine, die links und auf Höhe Stühlingen und Wutöschingen auch rechts des Flusses anzutreffen sind, sind ebenfalls ein Indiz dafür. Geologisch findet beim Wutachdurchbruch in Achdorf ein Wechsel vom Granit des Schwarzwälder Urgesteins zum Jura-Muschelkalk statt. Vermutlich hat das weniger wasserresistente, brüchige Kalkgestein den Durchbruch in Richtung Rhein erst ermöglicht. An der alten Bausubstanz der Bauwerke der Region sieht man heute noch oft Tuffsteine, die regionaltypisch sind, und den hiesigen Steinbrüchen entstammen; dabei handelt es sich um nichts anderes als Kalkgestein. Die astronomischen Wasserhärtegrade im Bereich Stühlingen sind ein weiteres Indiz für kalkhaltiges, das heißt hartes Wasser.
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